堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一 配音）和他的战友次元大介（小林清志 配音）、石川五卫门（浪川大辅 配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南 配音）。在此之后，鲁邦高调寄出预告书，扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石，为此国际刑警组织（ICPO）的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部（山寺宏一 配音）与目暮警官（茶风林 配音）为代表的日本警视厅通力配合，决心给大盗迎头痛击。另一方面，意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪（入野自由 配音）赴日卡演唱会，但威胁杀害偶像的恐吓信也随之而来。 　　人声鼎沸的演唱会会场，史无前例的对决拉开序幕……

来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。　　在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。

160年，掌握了恒星飞行技术的人类开始了星际移民，行星改造技术也随之兴起。CRUSHER其实就是宇宙便利屋，接受各种各样的委托，主角JOE在度假的时候接受了来自基利斯的营救囚犯的委托，其实这是基利斯独裁政府的阴谋，主角四人组必须力挽狂澜，解除宇宙的危机………

　　时间是第一次拉达姆之战过后十年，人类已掌握铁加曼系统，并以第一次拉达姆之战中被素体化的人类为基础，着手重建铁加曼系统。而拉达姆不甘心上次的失败，派遣大量舰队驶向地球，在太阳系外围与地球防卫军展开激战。同时，为了对抗新的敌人，宇宙骑士队重组，并着手制造新的铁加曼。第二部中，由美，大卫，娜塔沙作为新的主角登场，而亚纪则成为新的宇宙骑士队队长，我们第一部的英雄D-BOY作为宇宙骑士队的灵魂，为人所知的仅是十年前一战与月球基地同时消失于天际这一残酷的事实。而故事即由此展开。